Diğer yandan İbn Sînâ felsefesi kelâmla ilişkisinden bağımsız olarak bir takım yeni sorunlara yol açmıştır. Bunların başında hiç kuşkusuz felsefî literatüre yeni katılan varlık-mahiyet ve zorunlu-mümkün ayrımlarının yol açtığı sorunlar gelir. Lakin neredeyse bu ayrımlar kadar sonraki felsefe çalışmalarının gündemini belirleyecek bir diğer sorun, İbn Sînâ’nın bilhassa el-İşârât ve’t-tenbîhât adlı eserinde görünen yöntem sorunudur. Bu eserin “mantık” kısmı ile “makâmâtü’l-ârifîn” (=âriflerin dereceleri) kısmı arasında yöntem bakımından nasıl bir ilişki olduğu sonraki dönemin filozoflarını meşgul etmiştir. İbn Sînâ’nın kendisinin bu bölümler arasında nasıl bir ilişki gördüğü sorusundan tamamen bağımsız olarak ele alırsak; Endülüs’te İbn Tufeyl, doğu İslam dünyasında Sühreverdî, Fahreddîn er-Râzî ve Nasîruddîn et-Tûsî gibi filozoflar, “makâmât” kısmının mantık kısmından farklı bir yöntemi anlattığı kanaatine varmışlardır. Yine İbn Sînâcı imkân kavramı her ne kadar Meşşâî gelenekteki Tanrı-âlem ilişkisini düzenleme ve akıl-madde ayrımının sorunlarını çözme yolunda önemli bir yol almışsa da hem varlık anlamının akıldan maddeye dönüşümüne ilişkin sorunların bir kısmını pekiştirmiş, hem de kelamın kadîm-hâdis karşıtlığı üzerine kurulan açıklamasını zora sokmuştur. Dolayısıyla İbn Sînâcı ayrımların, birincisi İşrâkî felsefe ikincisi ise Fahreddîn er-Râzî’nin felsefe ve kelam okuması olmak üzere iki önemli sonucu olduğu söylenebilir. Bu bağlamda Sühvreverdî’nin Hikmetü’l-İşrâk adlı eseri, yöntem teorisi ile varlık anlamının farklı tahakkuklarıyla ilgili iki ana sorun ekseninde şekillenir. Diğer yandan Fahreddîn er-Râzî ve takipçileri, hem kelamın kadîm-hâdis karşıtlığına dayalı açıklamaları üzerinden eleştirel bir felsefe okuması yapmışlar, hem de varlık-mahiyet ve zorunlu-mümkün ayrımının imalarını ortaya çıkararak İbn Sînâ felsefesinin sorunlarını derinleştirme ve de çözme teşebbüsünde bulunmuşlardır. Bu bağlamda İşrâkî felsefe, İbn Sînâ’nın eserlerinde şahlanan Meşşâî felsefenin dâhili sorunlarını bir çözme teşebbüsüdür ve Gazâlî’nin bir devamı sayılamaz. Fahreddîn er-Râzî’nin eleştirel okuması ise bir yönüyle İbn Sînâ felsefesini, diğer yönüyle de kelam geleneğini tevarüs eder. Bu tevarüs, kelamın mantık ve metafiziği içermesi ve eleştirel okumayı sürdürmesi bakımından hiç kuşkusuz Gazâlî’ye bağlanır. Hatta Râzî, bir bütün olarak felsefî birikimi kelama dâhil etmesi bakımından Gazâlî’nin öngördüğünden de öteye gider, fakat eleştirel okumaya İbn Sînâ şarihliğini ve dolayısıyla da takipçiliğini dâhil ettiği ölçüde Gazâlî’den uzaklaşır. Yani bir yönden süreklilik, bir yönden kopukluk gözlemlenen bir Gazâlî-Râzî ilişkisinden bahsetmek mümkündür. Bu açıdan bakıldığında Gazâlî ve onun çizgisinde yer alan Şehristânî, mütekaddimûndan müteahhirûna geçişte ara dönemi oluşturur ve müteahhirûn dönemi tam anlamıyla Fahreddîn er-Râzî’yle başlar. Her ne kadar Sühreverdî, yenilikçi bir İbn Sînâ takipçisiyse de onun eserlerinin müteahhirûn döneminin oluşumunda kurucu olmaktan ziyade çeşitlendirici bir katkısından söz edilebilir.

Gazâlî hakikat araştırması yapan zümreleri eleştirdikten sonra tasavvufu tercih etmişti. Buna rağmen Gazâlî’nin tasavvuf tarihinde kurucu rolü kelam ve felsefede olduğundan daha zayıftır. Zira Gazâlî tasavvufu tercih etmekle birlikte önceki sûfîlerin de yaptığı gibi Eşarîliğin temel ilkelerini kararlı bir şekilde korur. Bu sebeple İbnü’l-Arabî’nin, İbn Sînâcı varlık-mahiyet ve zorunlu-mümkün ayrımıyla yeniden yorumlanan sudûrcu metafiziği tevarüs eden vahdet-i vücûd teorisi, hem Gazâlî’den hem de önceki sûfîlerden bir kopuşu ifade eder. Daha açık bir ifadeyle, tasavvufun yeni teorisi olan vahdet-i vücud söz konusu olduğunda Gazâlî’nin kurucu değil, meşrulaştıcı bir etkisinden söz edilebilir. Fakat tasavvufun özellikle teorik hususlarda kelamdan bağımsız bir bilimsel kimliğe sahip olması, Konevî’de belirginleşen tasavvufun metafizik olduğu iddiasına ulaşmakta kayda değer bir adım sayılırsa Gazâlî’nin tasavvuf adına sadece meşrulaştırıcı değil, yarı-kurucu bir işlevinden bahsetmek gerekir. Zira Gazâlî, her ne kadar tasavvufun temel inanç esasları hususunda önceki sûfîlerin Eşarî imâmlara bağlığını pekiştirse de, hakikat bilgisini sûfîlerin tekeline vermekle tasavvufu kelamın boyunduruğundan çıkarmaya yönelik çok önemli bir adım atmıştır. Gazâlî’ye gelinceye değin tasavvufun kelama karşı teorik üstünlüğünü hiçbir mutasavvıf onun kadar güçlü iddiayla dile getirmemiştir. Yine de Gazâlî tasavvufta mütekaddûn-müteahhirûn ayrımı için bir ölçü olmaya elverişli değildir ve tasavvufta yenilenme çağı, kelamdan nispeten geç olarak on üçüncü yüzyılda başlar.

O halde müteahhirûn dönemini kelam ve felsefe söz konusu olduğunda on ikinci yüzyılda Fahreddîn er-Râzî, tasavvuf söz konusu olduğunda ise on üçüncü yüzyılda, İbnü’l-Arabî ve Konevî ile başlatmak mümkündür. Bu dönemin kurucu düşünürlerince yazılan eserlerin önemli bir kısmının son döneme kadar devam eden bir şerh ve haşiye literatürü oluşturduğunu dikkate aldığımızda bu dönemin kelam, tasavvuf ve felsefenin ikinci klasik dönemi olduğunu söylemek mümkündür. Tasavvufun sonraki dönemlerde şerh ve haşiye geleneği oluşturan ana metinleri dönemin kurucuları olan İbnü’l-Arabî ve Sadreddîn el-Konevî tarafından yazılmıştır: Füsûsu’l-hikem ve Miftâhu’l-gayb. Fakat bu dönemin klasiklerinin oluşma sürecinin on dördüncü yüzyılın sonuna kadar devam ettiğini de kaydetmek gerekir. Zira kelam tarihçileri, Mâturîdî kelamının müteahhirûn dönemini Ebû’l-Muîn en-Nesefî’nin Tebsıratü’l-edille adlı eseriyle başlatmaya meyyaldirler, fakat bu dönemin tipik özelliklerini, Tebsıra’dan ziyade Teftâzânî’nin Şerhu’l-Akâid’i yansıtır. Bu sebeple sonraki dönemde Mâturîdî kelamının şerh ve haşiye formundaki üretimi Şerhu’l-Akâid üzerinden gerçekleşmiştir. Eşarî kelamının, üzerinde karar kılınmış ikinci klasiklerini Teftâzânî’nin Şerhu’l-Makâsıd’ı ile Seyyid Şerif el-Cürcânî’nin Şerhu’l-Mevâkıf’ı oluşturur. Her iki eser de Fahreddîn er-Râzî’nin Muhassal ve el-Mebâhis’inden türetilmiştir ve ilerleyen yüzyıllarda Râzî’nin eserleri üst düzey çalışmaların referans çerçevesini belirlemiştir. Nasîruddîn et-Tûsî’nin Şiî gelenekle birlikte Sünnî gelenekte de yoğun bir şekilde okutulan Tecrîdü’l-itikâd’ı on üçüncü yüzyılda yazılıp ana metne dönüşen bir klasiktir. Tûsî’nin bu ve diğer eserlerinin Şiî kelamında müteahhirûn dönemini başlattığı söylenebilir. Eğer gerek Tecrîdü’l-itikâd’ın gerekse de Tûsî’nin diğer eserlerinin Râzî etkisinde yazıldığını dikkate alırsak sadece Sünnî kelam gelenekleri değil, aynı zamanda Şiî kelam geleneğinin de esas itibariyle Râzî’nin eserlerinin etkisiyle müteahhir döneme girdiği görülecektir. Zira hem şimdiye kadar saydığımız kelam eserleri hem de Sirâcüddîn el-Urmevî, Kâtibî, Şemseddîn es-Semerkandî, Şemseddîn Mahmud Isfahânî, Efdaluddîn el-Hunecî gibi yeni dönemin klasiklerini yazan bütün düşünürler, Râzî çizgisinde yer alır.

Yeni dönemin felsefî üretimi İbn Sînâ’nın el-İşârât ve’t-tenbîhât adlı eserinin çerçevesi dikkate alınarak yazılan eserler üzerinden devam eder. Fakat felsefî tetkikler, Fahreddîn er-Râzî’nin Şerhu’l-İşârât, el-Mülahhas fi’l-hikme ve’l-mantık, el-Mebâhisü’l-meşrıkiyye ve Muhassal gibi eserlerinde sorduğu sorular, vaz ettiği meseleler, itirazlar ve delil eleştirilerinden hareketle yapılacaktır. Gazâlî’nin Tehâfüt’teki eleştiri ve tartışma üslubu Râzî tarafından bir tahkîk yöntemine dönüştürülünce kelamın klasik cedelî üslubu, klasik dönemin metinlerine yaratıcı sorular sormayı mümkün kılmıştır. Bu tavır değişikliği öylesine kalıcı olmuştur ki Fatih Sultan Mehmet döneminde başlayıp uzunca bir süre devam eden Tehâfüt literatürü dahi Gazâlî’nin Tehâfüt’ü ile isim benzerliği taşısa, hatta ondan hareketle yazılmaya başlansa da özünde Râzî’nin Şerhu’l-İşârât, el-Mebâhis ve Muhassal gibi kitaplarındaki tavrını sürdürür. Zira Râzî’nin Şerhu’l-İşârât’ı İslam dünyasında yazılmış en derinlikli eleştirel felsefe okumasıdır ve bu eserde, İbn Sînâ felsefesinin imaları neredeyse altı yüzyıl kelamcı ve felsefecileri meşgul edecek şekilde sorunsallaştırılmıştır. Bu sebeple ikinci klasik dönemin en önemli felsefî üretim alanlarından biri, İşârât geleneğinde yazılan eserlerdir. Fahreddîn er-Râzî’nin Şerhu’l-İşârât’ının ardından Tûsî, onun şerhini bir yönden içselleştiren bir yönden de sorunsallaştıran başka bir Şerhu’l-İşârât yazmıştır. Daha sonra Kutbüddin er-Râzî bu iki şerhi karşılaştıran el-Muhâkemât adlı eserini kaleme almış ve Muhâkemât üzerinden bir İşârât geleneği oluşmuştur. Bunun yanı sıra Esîrüddîn el-Ebherî’nin Hidâyetü’l-hikme ve Necmeddîn el-Kâtibî’nin Hikmetü’l-ayn adlı eserleri üzerinden şerh ve haşiye gelenekleri gelişmiştir. Her iki eser de Fahreddîn er-Râzî çizgisinde yetişen düşünürlerdir ve asıl itibariyle onun okumalarında ortaya çıkan sorunların tartışıldığı eserler kaleme almışlardır.

Bu durum göstermektedir Yenilenme Dönemi’nde bütün nazarî gelenekler Fahreddîn er-Râzî ekseninde gelişmiştir. Bu nedenle Râzî, başlangıçta sadece kelam kitaplarında ikinci kurucu düşünür anlamında “el-İmâm” ve felsefe eserlerinde İbn Sînâ’nın eserlerinde dile gelen felsefî birikimi sorunsallaştıran anlamında “eş-Şârih” olarak anılır. İlerleyen yüzyıllarda her iki üretim alanını sürdüren zümrelerinin neredeyse tamamen aynı şahıslar olması nedeniyle hem kelam hem de felsefe eserlerinde kurucu rolünü pekiştirerek Yenilenme Dönemi’nin “İmâmı” olarak anılacaktır. Fahreddîn er-Râzî’nin kelam ve felsefe okumaları, İslam dünyasında kelam-felsefe etkileşimine dayanan eleştirel bir düşüncenin başlamasına sebep olmuş, hem kelam hem de felsefe akımları yeni bir sürece girmiştir. Yeni dönemin kelam ve felsefesini “Yeni Eşarîlik” veya “Eleştirel Eşarîlik” olarak, felsefesini ise “İbn Sînâcılık” olarak adlandırmak mümkündür. Râzî sonrasındaki felsefe çalışmaları hiç kuşkusuz Meşşâîlik kapsamına girer, fakat on ikinci yüzyıldan itibaren Meşşâî felsefe okumaları neredeyse tamamen İbn Sînâ merkezli okumalara dönüşmüştür. Vakıa, hem Gazâlî’nin eleştirilerinin hem de Şehristânî’nin el-Milel ve’n-nihal’de İslam Meşşâîliğinin otoritesi (reîsü’l-kavm) olarak İbn Sînâ’yı gösterip onun felsefesini özetlemesinin gösterdiği üzere Râzî’den önce de İbn Sînâ otoritesi oluşmuştur. Bununla birlikte Râzî üzerinden devam eden felsefe çalışmaları, önemli ölçüde İbn Sînâ’da dile geldiği haliyle felsefenin sorunlarını çözme ve İbn Sînâ’nın kendi çözümlerini sorunsallaştırmaya dönüştüğünden, gerçek bir İbn Sînâcılık ortaya çıkmıştır. Dolayısıyla bundan önce bir İbn Sînâ otoritesinden söz etmek mümkündür, ama bir İbn Sînâcılıktan söz etmek makul değildir. Bu bağlamda Yenilenme Dönemi’nin on dördüncü yüzyıl sonuna dek süren kuruluş evresi, felsefî çalışmalar söz konusu olduğunda “Yeni İbn Sînâcılığın” değil, İbn Sînâcılığın oluştuğu çağdır.

Kuşkusuz İbn Sînâ takipçiliği felsefe çalışmalarıyla sınırlı değildir. Kelam metinleri yeni dönemde Gazâlî ve öncesinden esaslı farklılıklar barındırır. Yeni kelam, neredeyse tamamıyla varlık-mahiyet ve zorunlu-mümkün ayrımları üzerine kurularak Gazâlî öncesi kelamcıların kadîm-hâdis ve zât-sıfat ikiliklerini İbn Sînâcı ayrımlarla yeniden yorumlar. Tanrı’nın varlığına ilişkin delilleri bu ayrımlar doğrultusunda gözden geçirir. Felsefeden nakledilen verileri bir yandan kâdir-i muhtâr Tanrı anlayışı ilkesinden hareketle eleştirmeyi, bir yandan da doğa bilimlerinin sistematiğini kelama uyarlamayı amaçlar. Bu durumun kelamcılar arasında bir tür bölünmeye yol açtığı söylenebilir. Seyyid Şerîf el-Cürcânî gibi bir kısım kelamcılar, felsefî kozmolojiye eklemlenmeyi tercih edip bu eklemlemenin yol açtığı sorunları imkan teorisinin kabiliyetleriyle çözmeye çalışırken Îcî ve Teftâzânî gibi kısım kelamcılar ise aklî varlık kabulünü nefs teorisiyle sınırlı tutmak gibi daha mevzii uygulamalar olarak sürdürme yolunu tercih etmişlerdir. Fakat kelamın teorik fiziğini koruma çabasının ortak bir tavır olduğunu belirtmek gerekir. Bütün bu çabalar, klasik kelamın ontolojisi ile İbn Sînâcı ontolojinin kabiliyetlerini işlevselleştirmeyi gerektirdiğinden hacimli kelam kitaplarının yaklaşık üçte biri ontoloji tartışmalarına ayrılmıştır. Bu nedenle on ikinci yüzyıldan sonra yaşayan kelamcıların neredeyse tamamı İbn Sînâ şârihidir. İbn Sînâ ontolojisi, onun metafizik kabullerine rağmen temellük edilerek kâdir-i muhtâr Tanrı anlayışı, adet teorisi, kesb teorisi ve ilâhî seçime dayalı peygamberlik teorisinin savunusu için yeniden üretilmiştir.

Benzer ama daha derinden bir ilişki tasavvuf kitaplarında görülür. Mutasavvıflar, sadece İbn Sînâcı ontoloji ve kozmolojiyi tevarüs etmekle kalmamış, aynı zamanda sudûrcu metafiziği de benimseyerek kelamın kadîm-hâdis karşıtlığına dayalı yaratılış teorisini terk etmişler ve Tanrı-âlem ilişkisinde dinî düşüncenin beklentilerini filozofların nedensellik ilkesini yeniden yorumlamayarak karşılamaya çalışmışlardır. Diğer deyişle sûfîler, hem âlemin ezelîliğini hem de Tanrı’nın her bir nesneyle doğrudan ilişkili olduğunu iddia etmişlerdir. Böylece sûfîler, bir yandan on ikinci yüzyıla kadar dinî düşünce geleneklerinin âlemin hudûsu üzerindeki icmaını bozmuşlar, diğer yandan da sudûru benimseyen metafizikçi filozofların nedensellik üzerindeki icmaını bozmuşlardır. Her ne kadar sûfî gelenekte her dönemde İmâm Rabbânî’de görülen klasik Eşarî tavrı öne çıkarma temayülünde olanlar varsa da İbnü’l-Arabîci vahdet-i vücûd ana akım haline gelmiştir. Bu açıklamalardan da anlaşılacağı üzere kelam ve tasavvuf kitaplarında en azından felsefe kitaplarında gördüğümüzden farklı bir İbn Sînâcılıkla karşılaşırız. Bu, pek çok veçhesiyle, İbn Sînâ’ya rağmen bir İbn Sînâcılıktır ve Meşşâî felsefenin takipçilerine nispetle “Yeni İbn Sînâcılık” olarak adlandırılabilir. Felsefe çalışmaları içinde böylesi dönüştürücü bir okuma iddiası, Sühreverdî’nin Hikmetü’l-işrâk’ında görülür. Sühreverdî gerçekten yenilikçi bir İbn Sînâ okuması yaparak Meşşâî felsefenin tıkandığını düşündüğü birkaç meseleye yoğunlaşır ve temel metafizik kabullerde İbn Sînâ’yla aynı çizgide yer almakla birlikte sistem içi yeniliğe teşebbüs eder. Sühreverdî’nin bu çabası, Şehrezûrî ve Kutbüddîn eş-Şîrâzî gibi takipçilerinin Hikmetü’l-işrâk şerhlerinde genişletilmişse de onun, kelam ve tasavvuf geleneklerinde olduğu gibi kendi içinde yeni sorun ve çözümlerin üretildiği bir akıma dönüştüğünü söylemeyi meşru kılacak verilerden en azından şimdilik yoksunuz.

Kelam, tasavvuf ve felsefede Yenilenme Dönemi’nin kurucu klasikleri son yüzyıla kadar etkinliğini sürdürmüş ve klasikler üzerine uzun zaman sürecinde şerh, haşiye ve talikler yazılmıştır. Şerh, haşiye ve taliklerin en önemli özelliği, Yenilenme Dönemi’nin kurucu düşünürlerinin yorumlarının hareket noktası olması ve ilk klasik dönemin otoritelerine nispetle daha dakik (sofistike) kabul edilmesidir. Kelam ve felsefe eserleri, genellikle Tûsî, Kutbüddîn er-Râzî, Kâtibî, Teftâzânî, Seyyid Şerîf el-Cürcânî gibi önde gelen düşünürlerin görüşlerinin Fahreddîn er-Râzî tarzında bir eleştirel okumayla sorunsallaştırılmasını hedefler. Tasavvuf metinleri, kurucu düşünürler ile ilk şarihlerin görüşlerinin şerhi ve telhisi ile Mevlânâ’nın Mesnevî’sine yazılan şerhlerde olduğu gibi tasavvufî üretimin değişik alanlarında vahdet-i vücudun keşfini ve tahkikini hedefler. Bu sürecin on yedinci yüzyıl sonlarında Teftâzânî ve Seyyid Şerîf çapında bir düşünür olarak Siyalkûti ile zirveye ulaştığı söylenebilir. Nitekim İsmail Ankaravî, Siyalkûtî, Abdülganî en-Nablusî, Müneccimbaşı Ahmed Dede, Abdullah Bosnevî ve Molla Sadra gibi düşünürlerin tamamı bu yüzyılda yaşamıştır. Yenilenme Dönemi’nin bir bütün olarak özelliği meselelerin tahkîk ve tedkîki (yöntemin sonucu garanti edip etmediğinin sınanarak bilginin sofistike hale getirilmesi) olduğundan, on sekizinci yüzyılda da Saçaklızâde, Şah Veliyyullah, Gelenbevî, Hâdimî ve Desûkî gibi dönemin bilimsel birikimini temsil eden önemli yazarların yetiştiği görülür.

Vahdet-i vücudun bilhassa İslam düşüncesinin bir kanadını temsil edecek şekilde geliştirilmiş son büyük teori olduğunu düşünürsek aslında on ikinci ve on üçüncü yüzyılda oluşan çerçevenin genel olarak Batı’yla karşılaşma tecrübesine kadar varlığını sürdürdüğü söylenebilir. Dolayısıyla bütün iç çeşitliliğine rağmen başlangıçtan Fahreddîn er-Râzî ve İbnü’l-Arabî’ye uzanan zaman dilimini birinci klasik dönem sayabileceğimiz gibi on ikinci yüzyıldan yirminci yüzyılın ilk çeyreğine uzanan zaman dilimini de bir bütün olarak ikinci klasiklerin yazıldığı “Yenilenme Çağı” veya “İkinci Klasik Dönem” saymak mümkündür. Yine bu dönemin coğrafyası da klasik dönemin coğrafyasına benzer şekilde bütün İslam coğrafyasıdır. Bilim gelenekleri arasındaki ilişki siyasî sınırlardan bağımsızdır. Bunun tek istisnası, Şah İsmail’in İran’ı Şiîleştirmesinin ardından İran coğrafyasıdır. Şah İsmail’den sonra İran ulemasının İslam dünyasının değişik bölgeleriyle irtibatı peyderpey azalmıştır. Aslında bu coğrafyada üretilen teorik düşünce de esas itibariyle Fahreddîn er-Râzî ve İbnü’l-Arabî’ye dayanmaya devam etmiştir. Fakat Şiîleşmenin ardından gelen bir tür dışa kapanma, İran’da üretilen düşünce mirasının İslam dünyasının geri kalanına intikalini zayıflatmıştır. Bu nedenle vahdet-i vücûd öğretisinden hareketle nazarî düşünce geleneklerini yeniden yorumlayan ve İran coğrafyasında metafizik geleneğin ikinci klasik dönemdeki zirvesi olan kabul edilebilecek Molla Sadra’nın görüşleri, yirminci yüzyılın ikinci yarısına gelinceye dek, İslam dünyasının diğer bölgelerinde ulaşamamıştır.

Yukarıdaki değerlendirmelerden de anlaşılacağı üzere on ikinci yüzyılda başlayan yenilenme, sadece kelam, felsefe, tasavvuf gibi tümellik iddiasında disiplinlerle sınırlı değildir. Aynı yenilenme sürecini belagat, tefsir, fıkıh usulü gibi alet ilimleri ile dinî ilimlerde görmek mümkündür. Bu bağlamda ikinci klasik dönem, Şemsiyye, İsagoji, Miftâhu’l-ulûm, Telhîs, Mutavvel’i, Keşşâf, Envâru’t-tenzîl, Muhtasaru’l-Müntehâ, Tavzîh, Vikâye, Hidâye gibi değişik disiplinlerde kaleme alınmış kitapların tarihi olarak okunabilir. Bu dönemdeki ilim merkezlerinin bir kısmı birinci klasik dönemde kurulmuş iken, bir kısmı münhasıran yeni kurulan devletlerle birlikte oluşmuştur. Irak, Şam, Mâverâünnehir, Mısır ve Mağrib klasik dönemden beri devam eden etkinliğini önemli ölçüde devam ettirmekle birlikte on ikinci ve on üçüncü yüzyılda Anadolu Selçukluları ve İlhanlıların etkisiyle Anadolu ve Azerbaycan ilim dünyasının kalbi haline gelmiştir. Bu bağlamda Konya-Malatya hattı ile Şiraz-Meraga hattının özel bir yeri vardır. Tûsî ve Kâtibî gibi düşünürler Azerbaycan’da, İbnü’l-Arabî, Sadreddîn el-Konevî ve Siracüddîn el-Urmevî gibi düşünürler Anadolu’da başlayıp İslam coğrafyasının diğer bölgelerine yayılan yenileşmenin öncüsü olmuşlardır. Osmanlı Devleti’nin kuruluşundan bir müddet sonra iç ve batı Anadolu’dan Makedonya’ya uzanan bölgede yeni bir ilmî hareketlilik başlamış, İstanbul ve Bursa yeni merkezler olarak tebarüz etmiş ve yirminci yüzyılın ilk çeyreğine kadar İstanbul bu konumunu artırarak korumuştur. Özellikle vahdet-i vücûd düşüncesi Selçuklu devletinin sonlarında ve Osmanlı’nın hemen öncesinde geliştiği için bu teorinin geliştirilmesi ve yayılmasında Osmanlı düşünürlerinin özel bir yeri vardır. Diğer deyişle Osmanlı âlimlerine intikal eden en genç metafizik teori vahdet-i vücuddur ve bu teorinin ikinci nesil yorumcuları Dâvud el-Kayserî, Molla Fenarî gibi Osmanlı müderrisleridir. Bu sebeple Anadolu ve Balkanlarda yetişen vahdet-i vücudcu Osmanlı düşünürleri, bu düşüncenin şerhi ve yayılmasında daima etkili olmuşlardır. Osmanlı dönemi ayrıca İslam bilimler mirasının daha önce Arapça ve kısmen Farsça olan diline Türkçeyi eklemiştir. On dokuzuncu yüzyılın sonlarına doğru sömürge ve işgal hareketlerinin İslam dünyasını parçalamasıyla Osmanlı devleti iyiden iyiye merkezi bir konuma geldiğinde Osmanlı düşünürleri, siyasi düşüncenin yeniden üretilmesi noktasında da etkin ve besleyici bir rol üstlenmek durumunda kalmıştır.

Yine Hind altkıtasında yirminci yüzyılın başlarına kadar devam eden güçlü bir gelenek oluşmuştur. Fâtimîler zamanında Şia’nın önemli merkezlerinden biri olan Mısır coğrafyası Eyyûbîler ve bilhassa Memlükler zamanında sünnîliğin güçlü merkezlerinden bir haline gelmiş ve Yenilenme Dönemi’nin özellikle hadis ve tarih alanındaki klasikleri bu coğrafyada kaleme alınmıştır. İstanbul Fatih döneminden itibaren güçlü bir merkez oluncaya dek, Mısır, İran ve Mâverâünnehir coğrafyası Osmanlı ulemasını beslemiştir. Maveraünnnehir coğrafyası İslam dünyasının doğusu ile batısı arasında bir köprü olduğundan, bu coğrafyanın Hind ulemasını beslediği de söylenebilir. Fakat ulemâ hareketliliği hiçbir zaman mutlak olarak tek yönlü olmamıştır. Mesela Fenarî Hasan Çelebî’nin Haşiye ‘alâ Şerhi’l-Mevâkıf’ı ile Molla Hayâlî’nin Hâşiye ‘alâ Şerhi’l-Akâid’i Hind altkıtasının Şerhu’l-Mevâkıf ve kelam tetkiklerini beslerken, Siyalkutî’nin Fenarî’nin haşiyesine eleştiri olarak kaleme aldığı Yenilenme Dönemi kelam çalışmalarının zirvesi kabul edilebilecek Hâşiye ‘alâ Şerhi’l-Mevâkıf’ı ile Hâşiye ‘alâ Şerhi’l-Akâid’i Anadolu’daki kelam çalışmalarının da temel kitapları haline gelmiştir.