Osmanlı Ülkesi söz konusu olduğunda nazarî-keşfî hikmet Taşköprülüzâde ile ta‘limî hikmet ise Takiyüddin Râsıd ve İbn Hamza ile zirvesine ulaşmıştı. Muhâsebe Dönemi’nin genel özellikleri kısmında işaret edilen bunalımlar neticesinde XVI. yüzyılın sonu ile XVII. yüzyılın başlarında simyevî doğa felsefesi yükselişe geçti. Çağın ruhuna uygun olarak yeni yazar (müellif-i cedîd) olarak adlandırılan Ali İznîkî (Fazıl Ali Bey) bu alanda altmışa yakın esere kaleme aldı. Onun bu çalışmaları, Şemseddin İtâkî üzerinden devam eden ve yüzyılın sonunda İbn Sellûm ile zirveye ulaşan kimyevî tıp (ya da tıbb-i cedîd) için uygun bir zemin oluşturdu. Tıp ve eczacılık yanında gizli ilimler (el-ulûmu'l-hafiyye) ile de ilgili olan simya-kimya, yazılı metin olmasa da, en azından Osmanlı askerî teknolojisinde kullanılan bir bilimdi. XVIII. yüzyılın sonunda kurulan Mühendishânelerde yine askerî teknoloji çerçevesinde modern kimya bilgilerinin de dikkate alınmaya başlandığı söylenebilir.

XVII. yüzyılın ilk yarısı amelî hikmet başlığı alanında ele alınabilecek yeni bir yazım türünün, Islâhat-nâme literatürünün yükselişine şahâdet eder. Hasan Kâfî, Koçi Bey ve Kâtip Çelebî ile en önemli örneklerini veren bu tür, daha sonraki yüzyıllarda da takipçiler bulacaktır. Bu tür yalnızca pratik anlamda siyasî, iktisâdî ve ahlâkî sorunları ve ıslahı için alınması gereken tedbirleri konu almaz; aynı zamanda altın çağ olarak da tesmiye edilebilecek, kânûn-i kadîm kavramı etrafında, ideal bir tarih tasavvurunu da imler. Yine ayrıca Osmanlı bürokratik seçkinlerinin kendi sınıfsal kaygılarını da içerir. Yine XVI. yüzyılda klasik Meşşâî terminolojiyle Adududin Îcî tarafından XIV. yüzyılda kaleme alınan Risâletu'l-ahlâk'a Müneccimbaşı'nın yazdığı Şerh ile birlikte amelî hikmet tekrar gündeme taşındı. XVIII. yüzyılın sonunda hem klasik ahlâk literatürüne ilişkin metinler istinsah edilerek yeniden dolaşıma sokuldu hem de konuyla ilgili irili-ufaklı pek çok eser telif edildi.

İrfânî-sufî gelenek bu yüzyılda, Kadızâdelilerin eleştirilerini de dikkate alarak yeniden yapılandı ve Fusûs ile Mesnevî arasında üst terkiplerin yapılmaya çalışıldığı bir şerh geleneğini tetikledi. Mahmud Hüdâî, İsmail Rusûhî Ankaravî, Abdullah Bosnevî ve Sarı Abdullah Efendi tarafından temsil edilen bu gelenek daha sonraki yüzyılları da etkiledi. XVIII. yüzyılda İsmail Hakkı Bursevî başta olmak üzere pek çok isim irfânî ve sufî literatüre katkıda bulunmaya devam etti. XVII. yüzyılın en önemli muhakkik-ârif yazarlarından biri hiç şüphesiz İbrahim Gürânî'dir; irfâni geleneğin pek çok alanında kaleme aldığı eserler sadece Osmanlı Ülkesi'nde değil, Endonezya gibi Dâru'l-İslâm'ın diğer bölgelerinde de etkili oldu. XVIII. yüzyılın ilk yarısında ise Ahmed Serhendî'nin vahdet-i şuhûd anlayışı Osmanlı Ülkesi'ne girdi. Âkifzâde Âmâsî Kitâbu'l-mecmûʻ fî'l-meşhûd ve'l-mesmûʻ adlı eserinde XVIII. yüzyıl Osmanlı ulemasını vucûdî ve şuhûdî olarak iki öbeğe ayırdı ve mensup olduğu şuhûdî yaklaşım açısından vucûdî düşünürleri sıkı bir eleştiriye tabi tuttu; ayrıca kendi zaviyesinden sahih tasavvufu çerçeveleyen bir eser kaleme aldı. Yüzyılın önemli filozofu İsmail Gelenbevî ise vahdet-i vucûd kavramını tahkîk eden önemli bir risale telif etti.

İşrâkî felsefenin hem Osmanlı hem de Safevî dönemi mâcerâsı mukayeseli olarak incelenmesi gereken bir konudur. Özellikle Osmanlı Ülkesi'nde matematiksel bilimlerle uğraşan bilginler dışında İşrâkî yaklaşımın hem metafizik hem ontoloji hem de fizik felsefelerinin ne tür bir karşılık bulduğu sorusu henüz yeterince çalışılmamıştır. Şimdiye değin yapılan araştırmalar göstermiştir ki, XVII. yüzyılın ilk yarısında İsmail Rusûhî Ankaravî, Şihâbuddin Sühreverdî'nin İşrâkî felsefesini konu alan Heyâkilu'n-nûr adlı eserini hem Türkçeye çevirdi hem de şerh etti. Kâdîzâdeliler ile sûfîler arasındaki çatışmanın sıcak olduğu bir dönemde bu tür bir çalışmanın sosyal ve elbette entelektüel karşılığı üzerine düşünülmelidir. XVIII. yüzyılın ilk yarısında ise bu kez, Şehrezûrî'nin eş-Şeceretu'l-ilâhiyye adlı eserinin fizik kısmı Türkçeye tercüme edildi. Bu teşebbüsün de, mütercimin Yirmisekiz Mehmet Çelebî olduğu düşünülürse özel bir anlamı olmalıdır.

XVII. yüzyılda tarih yazıcılığında İbn Halduncu nazariye, daha önceki yüzyıllarda olduğu gibi etkisini sürdürdü. Nitekim Hezârfen Hüseyin Efendi'nin, yüzyılın ikinci yarısında kaleme aldığı Telhîsu'l-beyân fî kavânîn-i Âl-i Osman adlı çalışmasında bu etki açıkça görülür. Bu etki, özellikle II. Viyana Kuşatması sonrasında ortaya çıkan sorunlar nedeniyle daha da arttı ve Osmanlı bilginleri arasında zâten bilinen İbn Halduncu tarih teorisi yeniden üretildi. Naîmâ, Ravzatu'l-huseyn fî hulâsati'l-hafikeyn adlı eserinde İbn Halduncu nazariyeyi II. Viyana Kuşatması sonrasında ortaya çıkan siyasî, askerî ve ictimâî durumu meşrulaştırmak için de değerlendirdi. Bu ilgi XVIII. yüzyılın ilk yarısında Pirizâde Mehmet Sâhib tarafından Mukaddime'nin Türkçeye tercümesine neden oldu.

Matematik bilimler açısından bakıldığında 1614'de vefat eden İbn Hamza'nın 1591'de kaleme aldığı Tuhfe'si bir zirveydi. Bu yüzyılda aritmetik, misâha ve cebri muhtevi hisab bilimi açısından üretim büyük oranda pratik ağırlıklı sürdü. Osmanlı medreselerinde ders kitabı olarak okutulmaya başlanan Safevî Ülkesi'nde, matematikçi-astronom Bahâeddin Âmilî tarafından telif edilen Hulâsatul'-hisâb üzerine Ömer Çellî'nin yazdığı Hâşiye, yine ders kitabı olarak medreselerdeki yerini aldı; benzer şekilde yüzyılın ikinci yarısında Ramazan Efendi'nin yazdığı Şerh de medreselerde ders kitabı olarak okutulmaya başlandı. Bu iki ismin yanında XVII. yüzyılda Cevâd Bağdâdî, Molla Çelebî, Hasan Suhrânî, Tekfurdağî Mustafa Efendi ve Şeyhzâde Muhammed Efendi gibi bilginler de Hulâsatu’l-hisâb üzerine şerhler kaleme aldılar. Kâhire ve Bilâdu'ş-Şâm bilginleri ise İbn Cemâl örneğinde görüldüğü üzere, XVII. yüzyılda daha çok XV. yüzyılın en önemli matematikçilerinden olan İbn Hâim'in hisab ve cebir eserlerine şerh ve hâşiye yazmaya devam ettiler. Hisâb alanında bu yüzyılda dikkate değer bir çalışma İran coğrafyasında Bahâeddin Âmilî'nin öğrencisi Muhammed Yezdî'nin kaleme aldığı Uyûnu’l-hisâb'ındaki Takiyüddin Râsıd'ın belirli bir seviyeye getirdiği ondalık kesirlerle ilgili çalışmalarıdır. Yezdî belki de XVII. yüzyılın ilk yarısında Dâru'l-İslâm'da yaşamış en önemli matematikçilerden biridir. Hem adedî hem mikdârî hem de cebrî alanlarda irili ufaklı pek çok eser kaleme aldı; pek çok önemli hendese kitabını şerh etti; ayrıca astronomi sahasında da kalem oynattı. Sayılar teorisinde ise Muhammed Yezdî'nin Uyûn'daki çalışmaları yanında İbn Mâlik Dımeşkî, Muhammed Şabrâmallisî ve Müneccimbaşı Ahmed Dede'nin eserleri önemlidir. İbn Pîrî ise Mağrib ve Mısır matematik mirasını da dikkate alarak irrasyonel sayılar hesabı sahasında belki de alanında en hacimli olan el-Yevâkît adlı eseri kaleme aldı. Nazarî hendese alanında ise, dikkati çeken en önemli çalışma Müneccimbaşı Ahmed Dede'nin, Nasîrüddîn Tûsî'nin Tahrîru usûli'l-hendese adlı eserinin nadir bir nüshası üzerine önemli düşünürler tarafından düşülen notları derlemesi ve notların ilgili olduğu konulara ilişkin kendi kanaatlerini ifade etmesidir. Bunun yanında nazarî hendese sahasında XV. yüzyılın ileri gelen matematikçi-astronomu Kâdîzâde'nin Şerh eşkâli’t-te’sîs adlı eserine, Molla Çelebî, Abdulbirr Feyyûmî ve Bolulu Mustafa Efendi birer Hâşiye kaleme aldılar.

XVIII. yüzyılda matematik çalışmalarının hisâbî kısmı hem Osmanlı hem de Safevî ülkelerinde yine büyük oranda Hulâsatu’l-hisâb adlı eser üzerine kaleme alınan şerh ve hâşiyeler üzerinden yürüdü.Osmanlı Ülkesi'nde Mehmed Emîn Üsküdârî, Hoca Abdurrahman Efendi, Abdullatîf Bitlîsî, Hüseyin Mardînî, Abdurrahman Mühendis ve Abdurrahman Çellî'nin Şerhleri bunlar arasında yer alır. Bu şerhlerden bazıları, Abdurrahman Çellî'ninki gibi, oldukça hacimli ve dönemin matematiği açısından son derece önemlidirler. Ayrıca eser üzerinde Abrurrahim Marâşî'nin kaleme aldığı en önemli Şerh bu yüzyılda ilim kamuoyunda tedavüle girdi ve kısa sürede medreselerde ders kitabı olarak okutulmaya başlandı. XVIII. yüzyılda matematik alanındaki etkinlikler Osmanlı Devleti'nin tüm coğrafî bölgelerindeki birikimi temsil edecek bir özellik gösterir. O kadar ki bu yüzyılda da Hekimbaşı Muhammed Efendi, Hüseyin Mahallî, Ataullah Mısrî, Fahrîzâde Mevsılî ve İbrahim Halebî gibi matematikçiler İbn Hâim'in eserleri üzerine şerhler yazmayı sürdürürken; Hüseyin Mahallî, Şemseddin Hıfnî, Ahmed Sucâʻî ve Ahmed Huleyfî, XIII. yüzyılın Mağrib kökenli matematikçisi İbn Yâsemîn'in cebir konusundaki Urcûze'sine şerh ve hâşiye kaleme almaya devam ettiler. Benzer şekilde Muhammed Gazzî ve Şekerzâde Feyzullah Sermed, yine XIV. yüzyıl Mağrib dünyasının önemli matematikçisi İbn Bennâ'nın Telhîs a‘mâli’l-hisâb’ı üzerine şerh ve haşiye yazdılar.

Muhâsebe Dönemi'nin bir parçası olan XVIII. yüzyılın en önemli özelliklerinden birinin tatbîkî hikmet olduğuna işaret edilmişti. Nazarî bilginin tatbîkî bir tarafının olması gerektiği fikri bu yüzyılda hem bilgi anlayışını belirledi hem de yapılan çalışmalara bir istikâmet verdi. Nitekim yüzyılın başında öncelikle bilginler kendi geleneklerinde mevcut uygulama yönü olan birikim üzerinde durdular. Bu çerçevede Hulâsatu’l-hisâb'ın misaha kısmı, Muhammed Bursevî ve Muhammed Selim Hoca tarafından bağımsız olarak Şerh edildi. Osman Muvarriʻî ve Abdullatîf Dımeşkî misâha sahasında müstakil eserler kaleme aldılar. İbrahim Kâmî b. Ali, Cemşîd el-Kâşî'nin Miftâhu’l-hussâb'ının misâha bölümünü Türkçeye çevirdi ve Batı Avrupa kaynaklarından da istifade ederek mimarlar, istihkâmcılar ve topçular gibi askerî konulardaki uzmanların istifade edebileceği bilgilerle zenginleştirdi. Ancak tatbikî hikmeti en iyi temsil eden iki eser XVIII. yüzyılda kaleme alındı; bu iki eser aynı zamanda kadîm nazarî bilgi kavramının tatbîkî bilgi kavramına doğru evrildiğine işaret eder. O kadar ki bilgi ile âlet ilişkisine ilişkin düşünceler de ilk defa yoğun bir biçimde vurgulanmaya başladı. Eğinli Numan Efendi, Tebyîn aʻmâli’l-misâha adlı eserinde yalnızca bu konuda bilgiler vermekle kalmadı aynı zamanda mensup olduğu kadîm geleneği de eleştirdi. Osman b. Abdülmennân ise Hediyyetu’l-muhtedî adlı eserinde top, havan ve balistik gibi askerî problemleri de misaha konularına dahil etti. Bu iki eserin yanında Mustafa Sıdkî ile Mehmed Saîd de benzer şekilde eserler yazdılar. Özellikle Mehmed Saîd, Batı Avrupa kaynaklarından da istifade ile muhtelif âletler hakkında müstakil risâleler telif etti. Yüzyılın sonunda ise İsmail Gelenbevî, klasik matematik sahasında belki de en son önemli eseri, Hisâbu’l-kusûr'u Türkçe olarak kaleme aldı.

Yine bu yüzyılda mikdârî matematik açısından Mehmed İstânbûlî, Eukleides'in Elemanlar'ının ilk dört makalesini Şerh etti; ayrıca hendesenin kadim soruları teslîsu’z-zâviye, terbîuʻd-dâire vb. konularda risaleler yazdı. Mustafa Sıdkî ise Mutevassıtât külliyatını istinsah ederek yeniden ilmî tedâvüle soktu; kendisi de başta Bîrûnî'nin olmak üzere bir kısım eseri ıslâh ve tahrîr etti. Mustafa Sıdkî, ayrıca bir hattat olması hasebiyle, İslam medeniyetinde kaleme alınmış tespit ettiği en önemli hisâbî, cebrî, hendesî ve misâhî tüm metinleri istinsah ederek yayımladı. Bu yüzyılda Mustafa Sıdkî ve öğrencileri de Dâru'l-İslâm'daki cebirsel notasyon ve sembol dizgesine en son halini verdiler ve bunu matematik öğretiminin bir parçası kıldılar. Öğrencisi Şekerzâde Feyzullah Sermed diğer eserleri yanında logaritma alanında bağımsız ilk eseri kaleme aldı; akabinde İsmail Gelenbevî ve Hüseyin Rıfkı Tamânî de konuyla ilgili birer eser neşrettiler.Tamânî ayrıca dönemin genel yönelimine uygun olarak Elemanlar'ın yeni bir versiyonunu İngilizceden çevirdi. XVIII. yüzyılın matematik tarihi açısından diğer bir önemli özelliği İbrahim Halebî'nin kombinatör analiz konusunda en önemli çalışmalardan birini yapmasıdır. Ayrıca klasik sayılar teorisi konusunda Ahmed Damanhûrî de belki de bilinen son eseri bu yüzyılda kaleme aldı.

Astronomi sahasında XVII. ve XVIII. yüzyıldaki çalışmalar bir kaç koldan sürdürüldü. Kâdızâde'nin Şerhu’l-mulahhas fî ilmi’l-hey’e’sine, Bahâuddin Âmilî'nin Teşrîhu’l-eflâk’ına ve Cemşîd el-Kâşî'nin Sullemu’s-semâ’sına yazılan şerhler ve hâşiyeler yanında Zîc-i Uluğ Bey üzerine kaleme alınan şerhler, hâşiyeler ve uyarlamalar; ayrıca pek çok astronomi âleti hakkında yazılan onlarca metin bu çalışmalara örnek verilebilir. XVIII. yüzyılda Zîc-i Uluğ Bey’e yazılan en önemli Şerhlerden biri, Abbâs Vesîm Efendi'nin Türkçe kaleme aldığı Nehcu’l-bulûğ fî şerh Zîc-i Ulûğ adlı çalışmadır. Başta astronomi âletleri olmak üzere klasik astronominin muhtelif konularına ilişkin İbn Ebî’l-Hayr Ermeyûnî, Muhammed Rudânî, Rıdvân Felekî, Mustafa Zeki İstanbulî, Ramazan Hanekî, Hasan Cebertî, Salih Efendi İstanbulî, Fahrîzâde Mevsılî, Çinârî İsmail Efendi ve İsmail Gelenbevî gibi onlarca isim irili-ufaklı eserler kaleme almışlardır. XVI. yüzyılın ikinci yarısında Tezkireci Köse İbrahim ile birlikte Osmanlı ilim dünyasına yazılı olarak giriş yapan Kopernik astronomisi yani Güneş merkezli astronomi, herhangi bir tartışma ve çatışmaya neden olmaksızın daha sonraki bazı yazarlardan tarafından da Batı Avrupa kaynaklarından aktarılmaya devam etti. Bu konuda, XVIII. yüzyılda eski ve yeni astronomiyi mukayese eden ilk çalışmayı İbrahim Müteferrika, Mecmûat hey’eti’l-kadîme ve’l-cedîde adlı eseriyle yaptı. Akabinde Batı Avrupa dillerinden Güneş merkezli dizgeyi esas alınarak hazırlanan ve yeni parametreler içeren pek çok Zîc çevirisi de yapıldı. XVIII. yüzyılda Mühendishânelerde tamamen yeni astronomi tahsil edilirken şerh edilen klasik astronomi metinlerinde de yeni dizgenin tarihî köklerine ilişkin ifadelere sıkça rastlanılmaya başlandı.

Matematik bilimler söz konusu olduğunda kadimden cedide geçişin iki temel ölçütünden bahsedilebilir; birincisi cedidin Türkçe olarak ifadesi; ikincisi ise eski metinlerin tedricî olarak terk edilerek yeni bilginin üretildiği Batı Avrupa'da yazılmış kaynaklardan istifade edilmesi; giderek tamamen bu kaynaklara bağımlı kalınmasıdır. Ancak bu geçişin makul bir süreçte gerçekleştiği söylenebilir. Nitekim, yüzyılın başında Câbîzâde Halîl Fâiz, Zîc-i Uluğ Bey’in sittînî hisâb kısmını Türkçe olarak Fezlektu’l-hisâb adıyla yeniden üretirken, Cemşîd el-Kâşî'nin Miftâhu’l-hussâb’ının cebir bölümünü de Türkçeye tercüme etti. Şekerzâde, logaritma konusunda Türkçe Maksadeyn fî halli'n-nisbeteyn adlı eserini, konun içeriğine binâen, tamamen Batı Avrupa kaynaklarından hareketle hazırladı. İsmail Gelenbevî ise logaritma alanında ikinci Türkçe eser olan Şerh cedâvi’l-ensâb’ı ve diğer Türkçe eserleri, Hisâbu’l-kusûr ve Edlâʻ-ı müsellesât risâlesi’ni hem kendi geleneğini hem de Batı Avrupa kaynaklarını dikkate alarak telif etti. XVIII. yüzyılın sonu ile XIX. yüzyılın başında Mühendishâne baş-hocası Hüseyin Rıfkı Tamânî ise, İmtihânu’l-muhendisîn, Logaritma Risalesi, Mecmuâtu’l-muhendisîn, Telhîsu’l-eşkâl ve Tercumet usûli’l-hendese adlı eserlerini hem Türkçe hazırladı hem büyük oranda tatbikî bilgiyi düşünerek örgütledi hem de Batı Avrupa kaynaklarını kullandı. Bu yaklaşım XIX. yüzyılda giderek artacak, artık kadim bilgi gittikçe tarihselleşecektir. Tam burada işaret edilmesi gereken diğer bir nokta şudur: XVIII. yüzyılın başında daha çok mantık, kelam ve Meşşâî felsefeye dair eserler çevrilirken yüzyılın sonunda kamusal ortamdaki baskın anlayışa uygun bir biçimde matematik bilimlere ilişkin eserler tercüme edilmeye ve dahi Türkçe yazılmaya başlanmıştır.

Mantık klasik felsefe-bilimin dili olduğundan hem eleştirel hem de mesaile katkı anlamında üzerine en çok eser yazılan alanlardan biridir. XVII. yüzyılda risâleler, enmûzec türü eserler, medreselerde okutulan temel metinlere şerh ve hâşiyeler şeklinde yapılan üretim, XVI. yüzyılın sonu ve XVIII. yüzyılda yeni bir sûret kazanır. Mantığın tanımı, konusu, tanım nazariyesi, önerme, önermenin unsurları, yüklem ve türleri, kıyâs nazariyesi ile mantık bilimiyle bir şekilde ilgili olan, âdâb-i münâzara, âdab-i mutâlâa ve cihet-i vahde gibi alanlarda kimi özgün, onlarca eser kaleme alındı. Muhammed Âmidî, Mehmed Darendevî, Saçaklızâde, Kara Halil, Veliyüddin Carullah, Esad Yanyevî, Mehmed Emin Üsküdârî, Muhammed Hâdimî, Dergüzinî, Pehlivânî, Tavuskârî, Osman Alaşehrî, Abdurrahman İzmirî, Davud Karsî, Mehmed Zeynî, Yusuf Bozkirî, Halil Konevî bu alanda eser yazan önemli mantıkçılar olarak sıralanabilirler. Tüm bu süreçte yapılan üretimleri derleyip toparlayarak İslam mantık tarihi içindeki en önemli eserlerden birini telif eden İsmail Gelenbevî’nin Kitabu'l-Burhân’ı daha sonraki bilginler tarafından da dikkate alındı; Mustafa Rizevî, Yusuf Harputî ve Mehmed Sezâî tarafından şerh edildi; Abdunnafî İffet ise eseri hem Türkçeye çevirdi hem de üzerine bilinen en ilmî şerhi yazdı.

XVIII. yüzyıl, cihet-i vahde ile âdab-i münâzara konularında belki de İslam medeniyetinin tüm zamanlarında en çok eser üretilen ve fikir serdedilen bir yüzyıldır. Bu yüzyılda yaşamış hemen her filozof bu konularda kalem oynattı. Özellikle Veliyüddin Carullah hem söz konusu alanlardaki tüm eserleri kütüphanesinde topladı, hem de bu alanlarda bizzât kendisi, klasik olmuş metinlere şerhler ve hâşiyeler kaleme aldı. Diğer bir isim Saçaklızâde bu konularda hem eserler telif etti hem de yaygın ve sürekli bir eğitim ile yüzlerce öğrenci yetiştirdi. İsmail Gelenbevî ise yüzyılın sonunda yine temel metinleri ayrıntılı bir şekilde şerh etti. Müneccimbaşı Ahmed Dede ise kendinden önce belli-belirsiz dikkat çekilen âdâb-i mutalâa adlı bir bilim dalı icat etti ve konuyla ilgili ilk kapsamlı eseri kaleme aldı.

Felsefî düşüncede XVII. yüzyılın başında Devvânî-Mahmûd Şîrâzî – Mirzâcân-Halhalî çizgisinde Mehmed Emin Şirvânî’nin eserleri dikkat çekerken, daha sonraki telifler daha çok risaleler şeklinde devam etti. Yüzyılın ikinci yarısındaki toparlanmaya paralel olarak Muhammed Âmidî ve Abdülvehhâb Halebî çeşitli metinler kaleme aldılar. Kaynaklar, İran coğrafyasındaki felsefe çalışmalarını tahsil edip Şam’da tedris eden ilk kişi olarak tavsif ettikleri Mahmud Kürdî’nin belirli bir etkinlik alanı yarattığını belirtirler. Osmanlı Ülkesi’nde ise Alâaddin Niksârî, Müneccimbaşı Ahmed Dede ve XVIII. yüzyılın ilk yıllarında da etkin olan Kara Halil’in üretimleri daha sonraki çalışmaları da etkileyecek bir hareketi tetiklediler. Bu hareket XVIII. yüzyılın sonuna kadar sürdü ve Osmanlı Ülkesi’nde en yoğun felsefî çalışmaların yürütüldüğü bir dönem hâlini aldı. Muhammed Kefevî, Mustafa Akkirmânî, Mehmed Dârendevî, Saçaklızâde, Veliyüddin Cârullah, Mehmed Emin Üsküdârî, Muhammed Hâdimî, Esad Yanyevî ve İsmail Gelenbevî gibi isimler Meşşâî metinler ve sorular üzerinde muhtelif çapta eserler kaleme aldılar. Özellikle Ebherî'nin medreselerde de ders kitabı olarak okutulan Hidâyetu’l-hikme adlı eserine Kâdı Mîr’in kaleme aldığı Şerh ve bu şerhe Muslihuddîn Lârî'nin yazdığı Hâşiye üzerinde en çok durulan metin oldu. Esad Yanyevî'nin Aristoteles ve İbn Rüşd'ün eserlerini, Latince şerhlerini de dikkate alarak yaptığı çeviriler ve çalışmalar, İbrahim Müteferrika ile Descartes’ın fiziğine gösterdikleri ilgi ve Ragıp Paşa'nın Newton’ın Principa’sını çeviri düşüncesi bu yüzyılın en dikkate değer teşebbüsleri arasında sayılabilirler. Şüphesiz Mühendishânelerle birlikte yeni doğa felsefesine ait bazı düşünceler de Osmanlı ilim kamuoyuna girmeye başlamıştı. Bu düşüncelerin ilk elde matematik bilimler ile ilgili olduğu, en azından matematikle ifade edilebilen bilgilerle sınırlı olduğu düşünülebilir.

Klasik felsefenin hem metinler hem de mesail üzerinden yeniden ihyâ edilmesi, kültürel hafızadaki fay hatlarını harekete geçirdi ve kadim çatışma alanlarını yeniden hareketlendirdi. Bu dönemdeki bazı kaynakların "herkes felsefe ile uğraşıyor" demesi ya da vahdet-i vucûd karşıtı Akifzâde Âmâsî'nin, İbn Sînâ'nın el-İşârât ve’t-tenbîhât adlı eserini okuttuğu için eleştirdiği Palabıyık Mustafa ile görüşmek için İstanbul'a gelmesi bu duruma iki güzel örnektir. XVIII. yüzyılda Tehâfut geleneğinin yeniden ihyâsı ya da Meşşâî felsefî yaklaşımını eleştiren metinlerin kaleme alınması; kelâmî felsefenin eleştirilmesi, hatta Meşşâî felsefe dilinin her konuya bulaştırılmasının bir sorun olarak algılanması; bir yandan, yukarıda işaret edildiği üzere, kadim çatışma alanlarının yeniden üretimi olarak görülebileceği gibi, aynı zamanda mevcut güçlü yapıyı sarsmak ve yeniye bir yer açmak için de dikkate değer teşebbüsler olarak okunabilirler. Mehmed Emin Üsküdârî, Hocazâde’nin Tehâfut’unu telhîs ederken, İsmail Sakîb mesâili doğrudan üçe indirir ve bu üç mesele etrafında anlaşmazlık sorunlarını ele alır. Muhammed Hadimî ve Mestçizâde muhtelif öbeklerin aralarındaki farklı ve ihtilaflı mesâili tespit ederler; İbrahim Antâkî ise değişik bir yol izleyerek meselelerin en temeline yol alır ve tüm sorunların Aristoteles felsefesinin zamanında resmî bir dizge olarak benimsenmesinden kaynaklandığını; halbuki, Eflâtuncu felsefe tercih edilirse söz konusu soruların hızlı bir biçimde halledileceğini söyler. Mantık ve âdab-i münâzara alanlarında XVIII. yüzyılın en velût müellifi Saçaklızâde, tüm tahkikî yaklaşımına rağmen Meşşâî tarzda bir felsefî yaklaşıma karşıydı; bu nedenle aynı zamanda bir tür ilimler sınıflandırması olan eseri Tertîbu’l-ulûm’da Meşşâî felsefeye ilişkin klasik eleştirileri yeniden gündeme taşıdı; daha da ileri giderek Beyzâvî’nin Tavâliu’l-envâr adlı kelam kitabına Neşru’t-tevâliʻ adı ile bir tür eleştirel şerh yazdı ve kelâmın felsefîleşmesine XIII. ve XIV. yüzyılda geliştirilen itirazları tekrar ihya etti; ancak felsefî kelâmın kurucusu olarak Fahreddin Râzî’yi değil kelâmî felsefenin kurucusu olarak Nasîrüddin Tûsî’yi suçladı. Saçaklızâde, bir adım daha atarak Beyzâvî’yi Envâru’t-tenzîl adlı tefsirinde felsefî mülahazalara yer verdiği için de eleştirdi.

Safevî Ülkesi'nde ise XVII. yüzyılda Devvânîler ile Deştekîlerin mirasını sürdüren Şîrâz Okulu’nun birikiminin tesirini taşıyan düşünürler yetişmeye devam etti. Mîr Dâmâd, Mîr Findiriskî, Bahâeddin ʻÂmilî, Ahmed ʻAlavî gibi pek çok ismin katkıda bulunduğu bu çizgi, Molla Sadrâ diye tanınan Sadreddin eş-Şîrâzî tarafından, Meşşâî, kelâmî, irfânî ve sufî yaklaşımları İşrâkî bir çerçevede ele alacak şekilde Safevî ideolojisiyle entegre edildi. el-Esfâru'l-erbaʻa olarak tanınan eserinde ayrıntılı bir biçimde serimlenen ve el-hikmetu’l-muteâliye adını alan bu dizge Safevî Ülkesi'ndeki felsefî düşünceye yeni bir soluk getirdi; taraf ve karşı-taraf pek çok düşünürün katıldığı tartışmalar XVII. ve XVIII. yüzyılda önemli bir felsefî literatürün ortaya çıkmasına neden oldu. Receb Alî Tebrîzî, Kâdî Saîd Kûmî, Muhsin Feyz Kâşânî, Abdurrezzâk Lâhicî, Şemseddin Cîlânî, Âğâ Hüseyin Hânsârî, Âğâ Cemâl Hânsârî, Ali Kulî Karaçkay, Cafer Keşfî gibi pek çok ismin katkıda bulunduğu bu hareket XVIII. yüzyılın sonunda Afganlıların İran'ı işgali ile kesintiye uğrasa da daha sonraki yüzyıllarda, İsmail İsfehânî, Alî Nûrî ve Hâdî Sebzivâri eliyle yeniden canlanarak günümüze değin geldi. Afgan işgali sonrasında bazı düşünürler eserleri ile birlikte Osmanlı Ülkesi'ne sığındılar; muhtemelen bu düşünürler, başta Molla Sadrâ'nın düşünceleri olmak üzere Safevî Ülkesi'ndeki yeni felsefî tartışmaları da beraberlerinde getirdiler. Bu düşünürlerden Dergüzinî, bir Molla Sadrâ münekkidi olarak, Sultan III. Selim'e sunduğu mantık eserinin girişinde onu, hiçbir özgün fikri olmayan intihâlci ve derlemeci biri olarak tavsif eder.

XVII. ve XVIII. yüzyıllardaki nazarî ilimlere ilişkin literatüre dair serimlenen bu kısa özet, her şeye rağmen Osmanlı felsefe-bilim hayatının kendi paradigmatik çerçevesi içinde dinamik bir yapıya sahip olduğunu gösteriyor. Bu yapı nispeten belirli sorunlar üzerine odaklanmış, hemen hemen aynı amacı güden, ortak özellikler gösteren bir tavrı yansıtır. Bu çerçevede XVII. yüzyıl Osmanlı felsefe-bilim hayatının en önemli kavramının bunalım; XVIII. yüzyıl Osmanlı felsefe-bilim hayatının en önemli kavramının ise arayış olduğu söylenebilir. Elbette her arayış bir bunalıma işaret eder; bunalımın yarattığı bu arayış, Osmanlı bilginlerini mensup oldukları paradigmanın bir dökümünü/envanterini çıkarmaya, kısaca bir yer tespiti yapmaya yöneltmiş; tespit edilen bu yerin imkânları üzerinde durulmuş ve elden geldiğince derinleşilmiş; ancak siyasî ve askerî baskı ile Batı Avrupa’dan gelen bilgilerdeki nicel ve nitel artış, açıklama ve anlama gücü, kadîm bilginin açıklama ve anlama gücüne ilişkin haklı bir şüpheyi tetikleyince, daha yüksek cedîd bilginin ve bu cedîd bilgiyi temsil eden eserlerin tercüme ve telifine yönelinilmiştir. Bu yönelimde fikr-i müdîr ise nazarî bilgi değil, tatbikî bilgidir.

Şimdiye değin verilen bilgiler bir tablo hâlinde, matematik, astronomi ve doğa felsefesinde telif edilen eserler açısından XVII. ve XVIII. yüzyıllar mukayese edildiğinde ortaya ilginç sonuçlar çıkar. Tablo'da ilk göze çarpan XVII. yüzyıla göre XVIII. yüzyılda genel olarak hem müellif hem de telif edilen eser sayısının ciddi bir artış gösterdiğidir. Bunun tek istisnası doğa felsefesidir; çünkü XVIII. yüzyılın ikinci yarısından itibaren klasik doğa felsefesinin işlevselliği ortadan kalkmıştır. Bu sonuçlar, muhâsebe çağının hem temel ilkelerini doğrulamakta hem de genel özellikleri ile uyuşmaktadır.