Tıp bilimi, Muhâsebe Çağı'nın genel özelliklerini paylaşmasının yanında ilginç bir özelliği haizdir. Çünkü tıp hem yönetici sınıfı hem de halkı doğrudan ilgilendirdiği için etkiye, değişime ve dönüşüme en açık 'bilim' ve zanaattır. Nitekim Batı Avrupa kaynaklı bilgilerden en çok etkilenen ve tepki veren; kendini bu bilgileri de dikkate alarak yeniden tanımlayan ve konumlayan ilk disiplin tıptır; o kadar ki, Osmanlı Ülkesi'nde deyiş yerindeyse “modernleşme” dizgeli biçimde bir tecrübe olarak tıp alanında başlamış ve devam etmiştir. Bu nedenlerle de tıbbî eserler büyük oranda Türkçe üzerinden yürümüştür.

XVI. yüzyılda kadîm tıp devam ederken, Osmanlı tabipleri Batı Avrupa'da gelişen Paracelsus'un tıp yaklaşımını tıbb-i cedîd ya da tıbb-i kimyevî olarak adlandırmış ve teliflerinde dikkate almışlardır. Bu dikkate alışta kadîm nazarî zemin bırakılmamış, kullanılmaya devam edilmiştir. Şemseddin İtâkî, hem klasik İslâm kaynaklarını hem de Batı Avrupa'dan gelen bilgileri dikkate alarak eserler telif etmiş; Enmûzecu't-tıb adlı eserinde anatomiye ve teşrihe özel bir vurgu yapan Emrî Çelebî, Hekimbaşı Zeynelâbidîn, Ali Efendizâde gibi hekimler pek çok eser yazmışlardır. Ancak bu yüzyılın en önemli hekim yazarlarından biri, XVII. yüzyıldaki tüm gelişmeleri şahsında temsil eden Hekimbaşı İbn Sellûm'dur. İbn Sellûm, Gâyetu'l-beyân fi tedbîr bedeni'l-insân ve Gâyetu'l-itkân fî tedbîr bedeni'l-insân adlı iki eseriyle bu dönem tıb tarihine önemli bir yer edinmiştir. Yine bu yüzyılda Büyük Hayatîzâde Mustafa Feyzî tıp tarihi açısından önemli Resâilu'l-muşfiye fî emrazi'l-muşkile başta olmak üzere birçok Türkçe eser kaleme almıştır. XVII. yüzyıl iki büyük hekim yazarla kapanır: Şaban Şifâî ve Ömer İznîkî ki, her ikisi de dönemlerindeki tıp bilimini temsil eden önemli eserler kaleme almışlar; kadîm bilgiler yanında cedîd malumatı da kullanmışlardır.

XVIII. yüzyıl artık tıp biliminin kadîm nazarî zeminin de tedricen sorgulandığı ve yüzyılın sonunda terk edilmeye başlandığı bir yüzyıldır ki, bu durum Muhasebe Çağı'nın XVIII. yüzyıl özellikleri ile örtüşmektedir. Ömer Şifâî ve Ali Münşî kadîm tıbbî bilgiler yanında Batı Avrupa'dan gelen tıbbî bilgileri de yoğun bir biçimde kullanmışlardır. Ömer Şifâî'nin, Cevheru'l-ferîd fî tıbbi'l-cedîd ve Minhâcu'ş-şifâî fî tıbbi'l-kimyâî; Ali Münşî'nin ise Bidâatu'l-mubtedî adlı eserleri dikkate değerlerdir. XVIII. yüzyılda Abbas Vesîm, Dustûru’l-Vesîm fi tıbbi’l-cedîd ve’l-kadîm adlı eseriyle kadîm ve cedîd tıbbı dizgeli ve sorunlar üzerinden mukayese etmiş; kendi mensup olduğu geleneği açık ve rahat bir biçimde kadîm olarak adlandırabilmiştir. Elbette bu yüzyılda diğer önemli bir çalışma, Mustafa Tokâdî'nin el-Kânûn fî't-tıbb'ı kendine değin yapılan hemen diğer tüm çalışmaları kullanarak Tebhîzu'l-Mathûn adıyla Türkçe tercüme ve şerh etmesidir. Kâtipzâde, Suphîzâde, Rodosîzâde gibi hekim-yazarlar yanında klasik tıbbın son büyük temsilcisi Gevrekzâde Hasan Efendi'dir. Gebelik, çocuk sağlığı ve çocuk hastalıklarını konu alan en-Neticetu'l-fikriyye fî tedbîr vilâdeti'l-bikriyye, özgün klinik gözlemlerini muhtevi Risâle-i tıbbiyye ve tercüme-telif eserleri ile Muhâsebe Çağı’nı mühürlemiştir.