Muharrem Midilli, Selçuk Üniversitesi’nde ilahiyat öğrenimi gördü (1999-2003). Marmara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde hazırladığı Hicri V. Asır Fıkıh Usulü Eserlerinde Emrin Delaleti Tartışmaları isimli çalışmasıyla yüksek lisansını tamamladı (2007). 2006-2012 yılları arasında Sarıyer Vehbi Koç Vakfı Lisesi’nde öğretmen olarak çalıştı. TÜBİTAK yurt dışı doktora araştırma programı kapsamında ABD Columbia Üniversitesi’nde 1 yıl süreyle araştırmalarda bulundu (2014-2015). 2017 yılında İstanbul Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’ne sunduğu Osmanlı Bağlamında Şeriat-Kanun İlişkisinin Hanefi Kamu Hukuk Fikri Açısından İncelenmesi: Ceza Hukuku Örneği başlıklı teziyle doktora derecesi aldı. Halen Trabzon Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde öğretim üyesi olarak çalışan Midilli’nin Klasik Osmanlı Ceza Hukukunda Şeriat-Kanun Ayrımı isimli bir kitabı ve muhtelif konularda birçok makalesi bulunmaktadır. Midilli, Osmanlı dönemi fetva-mezhep-hukukun gelişimi ve kanun ilişkilerine dair bir TÜBİTAK projesi yürütmektedir.