Lisans eğitimini 1983 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde tamamladı. Aynı üniversitenin Sosyal Bilimler Enstitüsü İslam Hukuku Anabilim Dalında “Hukuki İşlemlerin Hükümsüzlüğü” (Butlan Teorisi) başlıklı teziyle 1989 yılında doktor oldu. 1991 yılında doçent ve 1997 yılında profesör oldu. 1984 yılından beri Erciyes Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde görev yapmakta olan Apaydın ağırlıklı olarak fıkıh usulü ile klasik fıkhın mantığı ve sistematiği üzerinde yoğunlaştı. Son yıllarda sahih anlam ve meşru yorum üzerinde ve bağlamda özellikle temel İslam bilimlerinin tarihsel tecrübedeki işlevleri ve bu işlevlerin günümüzde nasıl gerçekleştirilebileceği üzerinde çalışmaktadır. Apaydın’ın Diyanet Vakfı İslam ansiklopedisinde 50’nin üzerinde maddesi, onlarca makale ve bilimsel bildirisi vardır. Yayımlanmış çalışmaları İslam Hukuna Giriş (editör ve bölüm yazarı), İslam Hukuk Usulü (2016), Fıkhın Kaynakları (2017), İbn Hazm: Zahirilik Düşüncesinin Teorisyeni (2017) adlı kitaplardır. Bunun yanında Gazzali’den ve Şeyh Bedreddin’den çevirileri yayımlanmıştır.